ณัฐพงษ์ได้รับการเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร ชุดที่ 25 ในฐานะสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรกรุงเทพมหานคร เขตเลือกตั้งที่ 28 จากพรรคอนาคตใหม่[4] ต่อมาเมื่อพรรคอนาคตใหม่ถูกยุบ ณัฐพงษ์ย้ายมาสังกัดพรรคก้าวไกล ขณะดำรงตำแหน่งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร ณัฐพงษ์ได้ดำรงตำแหน่งกรรมาธิการงบประมาณ ในปี 2562-2566

ในการเลือกตั้งทั่วไป พ.ศ. 2566 ณัฐพงษ์ได้รับการเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรแบบบัญชีรายชื่อ พรรคก้าวไกล[5]